Seit der Spielzeit 2017/18 ist Anne-Fleur Werner Ensemblemitglied des Salzburger Landestheaters, wo sie in Partien wie Mozarts Gräfin Almaviva, Offenbachs Antonia sowie als Tochter in Hindemiths Cardillac zu erleben war.

Spielzeit 2019/20 war Anne-Fleur Werner in Rollendebuts als Gräfin Zedlau in Johann Strauss (Sohn) Operette "Wiener Blut" und als Fiordiligi in Mozarts "Cosi fan tutte" zu erleben.
Im Herbst 2019 gab sie ihr Rollen- und Fachdebut als Rezia in Webers “Oberon“ und war Cover für Elsa in der Felsenreitschule Salzburg.

Die Sopranistin mit deutschen Wurzeln begann bereits als Elfjährige ihre Gesangsausbildung bei Christel Borchers an der Musikhochschule München und studierte später am Salzburger Mozarteum bei Horiana Branisteanu und Ingrid Kremling-Domanski. In der Liedklasse von Helmut Deutsch absolvierte sie ihr Masterstudium mit Auszeichnung. Zudem arbeitete sie u.a. mit Montserrat Caballé, Helen Donath, Rudolf Piernay und Gudrun Ayasse und erhielt wichtige Impulse durch ihre Arbeit mit Dirigenten wie Ivor Bolton, Massimo Zanetti, Fabio Mastrangelo,Adrian Kelly, Josef Wallnig, Kai Röhrig, Manfred Jung und Oliver von Dohnányi, sowie auch mit dem Liedpianisten Malcolm Martineau. Zu ihren Mentoren zählen Heldentenor Manfred Jung und Gudrun Ayasse, sowie Michelle Wegwart und Jane Robinson an der English National Opera.

Anne-Fleur Werner war Stipendiatin der „Jungen Musiker Stiftung Bayreuth“.

Im September 2016 war sie Finalistin der renommierten Competizione dell’Opera am Moskauer Bolschoi-Theater und trat anschließend mit dem Bruckner Orchester im Bruckner Haus Linz auf. 

Als Teilnehmerin des Young Singers Project wirkte Anne-Fleur Werner bei den Salzburger Festspielen 2017 als Solistin am Young Conductors Award Concert Weekend mit.